La familiarita` con la musica elettronica e con lo studio di registrazione tornarono utili quando Cunningham decise di dar vita a un gruppo rock, un'idea immortalata sull'album Flying Lizards (Virgin, 1980). Annidate fra cover tecnologiche irriconoscibili di Eddie Cochran e Brecht/Weill, le ballate elettroniche di Cunningham hanno il sapore del divertimento colto, realizzato giocando in studio a chi le combina piu` grosse. Un certosino lavoro di overdub supplisce ampiamente alla (voluta) scarsezza della strumentazione: Cunningham si comporta come un artigiano i cui arnesi sono le macchine dello studio (corredate da oggetti casuali, quali scatole metalliche e fogli di carta) e la cui materia prima e` la pop song. Alla fine e` capace di erigere un'imponente sinfonia per ritmi meccanici e voci bianche, trafficando sicuro e disinvolto le alchimie opposte della sperimentazione e del consumo, all'insegna delle teorie "storiche" delle avanguardie underground e psichedelica.
Alle tastiere Cunningham emula Brian Eno, stende cioe` quel tappeto di effetti che serve a creare il contrasto fra prima e dopo la scienza. Rispetto a Eno c'e` comunque un uso piu` fantasioso delle parti vocali (soprattutto il fascino arcano di Her Story, nenia paradisiaca per solfeggio femminile con inflessioni da muezzin simile a certi fischiettii metafisici di Wyatt), un tono medio piu` umoristico (la satira surreale di TV, quasi una Bonzo Band con qualche circuito in piu`).
Su tutto svetta il tribalismo disco-psichedelico di Russia, delirio pantagruelico senza ritegno al limite della "devoluzione", prototipo della nuova musica metronomica perturbata da improvvisazioni impercettibili e da gag grottesche) e infine una maggior dimestichezza con le cose dell'avanguardia (il minimalismo rock di The Flood, la cupa elettronica teutonica di Trouble, fino all'alea di Events During The Flood, un brano per l'appunto costruito su un altro brano, come dice il titolo). Gli unici elementi sistematici sono il drumming ossessivo del ballabile moderno e un canticchiare di fantasmi fuori campo. Ad essi il genio del compositore sovrappone un numero impressionante di trovate, minute e stupidine, che costituiscono in fondo la vera essenza dei brani. Attraverso queste caricature stranianti il complesso celebra l'apoteosi programmata dell'idiozia collettiva.
Non a caso le sue devastanti cover lo segnalano come il piu` pericoloso dei terroristi del meta-rock (e in particolare il massacro scientifico di Money, forse il piu` bel risultato di sempre in fatto di cover).

La continuazione di quel disco, Fourth Wall (Virgin, 1981), vanta un cast di tutto rilievo (Robert Fripp, Peter Gordon, Michael Nyman, Steve Beresford). La parodia intellettuale e` suffragata da una ragnatela di loop, echi, voci sdoppiate, delay, filtri, che conferisce al suono una qualita` eterea da fiaba tecnologica, con la soave Patty Palladin nella parte di Alice (Lovers And Other Strangers, con tanto di marcetta per bambini e inno della cavalleria) e Cunningham in quella di un dispettoso Mago Merlino che fattura tutta una serie di scherzi barbini: il minimalismo "rileyano" di An Age, la danza robotico-industriale di Steam Away, l'eterea "ambientale" di New Voice (vertice galattico del disco) e di Cirrus (con minuscoli vocalizzi alla Wyatt), il boogie minimalista di Hands 2 Take (per ensemble da camera di nove esecutori condotto dal piano di Nyman), gli impulsi funky-psichedelici di In My Lifetime e A Train.
Cunningham si serve di soggetti "disco", da cui ricavare sceneggiature che sono ordini e ordini di grandezza piu` complesse, infittite di trame secondarie e di episodi marginali. Ogni brano diventa una piece surreale, al limite del nonsense.
Cunningham invento` in un certo senso la forma "novelty" dell'era minimalista e post-modernista.

Cunningham si prese pero` troppo sul serio e pubblico` poi una raccolta di sole cover, Top Ten. L'album, banale a dir poco, decreto` la fine dei Flying Lizards.

Cunningham divenne il produttore di fiducia di Michael Nyman. Soltanto negli anni '90 si lascio` tentare dal ritorno e pubblico` prima un disco di musica giamaicana rielaborata a modo suo, The Secret Dub Life, e poi Ghost Dance, una colonna sonora del 1983 in stile Byrne/Eno.

Secret Dub Life of the Flying Lizards (Mister E, 2003) collects remixes that David Cunningham worked on between 1978 and 1995.