Il singolo I Don't Believe You (Merge, 1998) mostra i Magnetic Fields all'apice della loro autoindulgenza nel tentativo di confezionare l'ennesima graziosa melodia avvolta in sinfonie tecno.

Il triplo album 69 Love Songs (Merge, 1999) rappresenta la loro opera più bizzarra ma allo stesso tempo la meno originale. La durata del disco premette ad un tentativo ambizioso ma in realtà molte canzoni sono costituite da variazioni su temi gia' noti. La maggior parte di loro sono imitazioni di sonorità, se non specifiche canzoni, del passato. La straordinaria orecchiabilità del canto di Merritt costituisce allo stesso tempo la sua fortuna e la sua condanna: se da un lato maschera i ritornelli presi a prestito dall'avagaurdia intellettuale, dall'altro risalta l'estrema fragilità delle costruzioni musicali. La tenera The Book of Love ricorda Bruce Springsteen che canta gli Everly Brothers. Let's Pretend We're Bunny Rabbits e If You Don't Cry sono il tributo di Merritt al synth-pop. The Luckiest Guy e It's A Crime tradiscono un incedere Reggae in stile two step, mentre Underwear e I'm Sorry I Love You (con uno dei ritornelli più orecchiabili della sua carriera) sono i due picchi di energia.
Melodie impeccabili cullano l'impennata nenia al pianoforte Papa Was a Rodeo, il canto country di All My Little Worlds (una versione accelerata di Gram Parsons), la maestosa ballata infettata dai mariachi Grand Canyon e l'aria da camera Busby Berkeley Dreams.
Sorprendentemente, il concentrato del disco è saldamente costituito da circa tre ore di musica melodica in cui Daddy Was A Rodeo e The Death Of Ferdinand Saussure possono essere considerati gli esercizi più intellettuali.
Merritt fa quasi tutto da solo, saltuariamente aiutato da Daniel Handler alla fisarmonica, Claudia Gonson al piano, Sam Davol al violoncello e al flauto e John Woo al banjo e al mandolino.

Future Bible Heroes, che è in pratica un duo di Merritt con Chris Ewen, anche se aumentato dalle tastiere e dalle percussioni di Claudia Gonson, pubblica la loro seconda raccolta di spensierate melodie synth-pop, l'EP I'm Lonely (Merge, 2000). I'm Lonely (una revisione della I Will Survive di Gloria Gaynor per il nuovo secolo) stabilisce il ritmo delle arie irresistibilmente decadenti e tristi di Merritt (Good Thing I Don't Have Any Feelings, Cafe Hong Kong, Hopeless).
Le musiche sono tutte di Ewen.

Nel frattempo, il side project di Merritt, i 6ths, ritorna con Hyacinths and Thistles (Merge, 2000), un’altra collezione di melliflue canzonette eseguite da un impressionante cast di ospiti (Bob Mould, Sally Timms dei Cowboy Junkies, Clare Grogan degli Altered Images, Sarah Cracknell dei Saint Etienne, Marc Almond, Momus, Melanie, etc). Rincuorante e deprimente allo stesso tempo Merritt è unico anche quando compone musica easy-listening (essendo i 6ths il suo progetto "leggero" rispetto a quello dei Magnetic Fields). Gli arrangiamenti hanno la classica stravagante precisione e la qualità timbrica della Penguin Cafè Orchestra. Le interpretazioni sono così limpide e garbate tanto da scorrere l’improbabile gamma di filastrocche infantili (As You Turn To Go, su uno zither sognante), lied classici (He Didn't, per piano e voce baritonale), ninnananne folk (Night Falls Like A Grand Piano, per piano e zither), arie da opera (The Dead Only Quickly Decay, forse la melodia più sfarzosa), cabaret tedesco (I've Got New York, con un piano giocattolo), musical di Broadway (Waltzing Me All The Way Home), Petula Clark (You You You You You, per sola chitarra), girl-group (Kissing Things, per fisarmonica e piano giocattolo). L’arte di Merritt è anti-concettuale: le sue sono canzoni attraenti, languide, tenere, melodiose.

Merritt predilige strumenti insoliti senza altro accompagnamento, le cui note sono suonate per pareggiare le umili ed emozionanti melodie. Le percussioni sono del tutto assenti in molte di queste "canzoni giocattolo". Ancor più rilevante è il fatto che molti di questi "capolavori giocattolo" durano solo un paio di minuti: Merritt è soddisfatto dell’embrione, non occorre aspettare che l’organismo cresca in una canzone a pieno titolo. Un disco virtuale dentro il disco vero e proprio è composto da canzoni che tributano il synth-pop, vale a dire le radici di Merritt. Drum-machine e archi sintetici (o naturali) sommergono Just Like A Movie Star (una melodia per la quale Elvis Presley sarebbe impazzito), la (insolitamente) sincopata Give Me Back My Dreams, per non parlare di The Sailor In Love With The Sea (un tributo a Gary Numan cantato da Gary Numan stesso). Questi sono i brani in cui la nostalgia è più palpabile. Merritt è riuscito ad elaborare una sintesi di portata storica ma col piglio dell’uomo qualunque che difficilmente sa qualcosa di storia.

Il primo album di Stephen Merritt a suo nome, Eban & Charley (Merge, 2002) è una colonna sonora (per la gran parte di brani strumentali). La seconda colonna sonora, Pieces Of April (Nonesuch, 2003), è una semplice collezione di sue vecchie canzoni.

Eternal Youth (Instinct, 2002) dei Future Bible Heroes è una mera nota in calce nel canone di Merritt, ma mostra quanto il valore dell’arrangiamento e della produzione prevalga su quello delle liriche e delle melodie nella musica di Merritt e distruggano l’intera idea di musica schietta, innocente e straziante (Losing Your Affection, Find An Open Window).

Lonely Robot (Instinct, 2003), ancora dei Future Bible Herpes, è una raccolta di remix.

Merritt ha riesumato i Magnetic Fields per I (Nonesuch, 2004), un disco i cui titoli delle canzoni cominciano tutti con la lettera "i", arrangiato con l’aiuto del chitarrista John Woo, del violoncellista Sam Davol e della pianista Claudia Gonson. Eccetto il numero dance-pop I Thought You Were My Boyfriend e l’iper-I Don't Believe Youagrave; un singolo del 1998) i toni si sono consistentemente attenuati. I Looked All Over Town, Infinitely Late at Night, It's Only Time ripetono la stessa canzone che Merritt ha suonato sin dagli esordi. Per quanto piacevoli, non aggiungono niente al suo repertorio.

Showtunes (Nonesuch, 2006), accreditato a Stephen Merritt, raccoglie 26 brani per opera prodotte dal regista teatrale cinese Chen Shi-Zheng: Orphan Of Zhao, Peach Blossom Fan, contenente il leitmotiv Shall We Sing a Duet?, e My Life As A Fairy Tale.
In un registro tragicomico Merritt sguinzaglia il suo umorismo e il suo talento melodico nella tradizione delle operette di Gilbert e Sullivan. I suoi arrangiamenti mischiano strumenti cinesi a strumenti occidentali e ad altri esotici di varia estrazione (marimba, steel drum, ukulele).

The Tragic Treasury - Songs From A Series Of Unfortunate Events (Nonesuch, 2006), per la maggior parte eseguito da solo ma accreditato ai Gothic Archies, è un concept che si sviluppa attorno alla serie audiobook per bambini da tredici volumi di Lemony Snicket, ogni canzone dedicata a ciascuno dei tredici volumi più il tema principale We are the Gothic Archies. Sorprendentemente, quello che sembra uno scherzo è uno dei migliori album pubblicati da Merritt dai tempi di Hyacinths and Thistles. A dispetto della spiritosa premessa, è anche insolitamente cupo e depresso, un fatto che conferisce alle canzoni una sostanza che in passato raramente avevano. Così Scream and Run Away e Nothing Is What It Seems suonano più serie di tante canzoni che Merritt cercava di far essere serie.

I titoli degli album di Merritt sono sempre stati significativi e Distortion (Nonesuch, 2008) non fa eccezione: Merritt ha deciso di immergere le sue melodie pop in un mare di distorsione tipo-garage, in un modo simile ai Jesus And Mary Chain negli anni '80. Nonostante ciò la fisarmonica, il violoncello e il pianoforte sono ancora in primo piano e Merritt inserisce addirittura una voce femminile, Shirley Simms. A dispetto del pretesto dell’album, canzoni come Please Stop Dancing, Too Drunk To Dream e Old Fools sono degne del corpus principale dell’autore. Ovviamente il lato negativo risiede nel fatto che non vi sia nulla di rivoluzionario, ma in fondo si potrebbe dire lo stesso della musica di Mozart.
Simms cavalca The Nun’s Litany (una stereotipata ninna nanna sognante adolescenziale), California Girls (un inno per eccellenza) e Xavier Says (con echi di Mamas & The Papas) e dimostra immediatamente il motivo per cui Merritt ha sentito di aver bisogno di lei: ha la voce per eccellenza dei "girl groups". La maggior parte delle canzoni non servono a molto, se non alle strategie post-moderniste di Merritt, neanche tanto ingegnose, ma alcune rivelavano come l’autore avesse ancora un’anima (I’ll Dream Alone, Mr Mistletoe), la stessa anima che negli anni '90 aveva conquistato la generazione indie-pop e pre-emocore.

L'acustico Realism (Nonesuch, 2010), con il violoncellista Sam Davol, il chitarrista John Woo, il batterista Gonson, Johnny Blood alla tuba, Ida Pearle al violino, la cantante Shirley Simms e il fisarmonicista Daniel Handler, fungeva da alter ego di Distorsion.
Purtroppo le canzoni di Merritt perdono parecchio del loro "valore" quando non sono circondate da arrangiamenti adeguati.

Obscurities (Merge, 2011) di Merritt, è una raccolta di rarità.

Dopo aver messo alla prova la pazienza di tutti, Merritt ha resuscitato i campi magnetici e gli arrangiamenti corretti (sintetizzatori e strumenti da camera) per Love at the Bottom of the Sea (2012).
Sfortunatamente, le canzoni erano parodie dei classici dei Magnetic Fields. Il migliore, Andrew in Drag, una stupida tiritera cabarettistica, non sarebbe riuscito a raggiungere la scaletta finale del pur tentacolare 69 Love Songs.

Il cinquantenne Merritt ha deciso di pubblicare 50 Song Memoir (Nonesuch, 2017), accreditato ai Magnetic Fields: un pezzo per ogni anno della sua vita. Le canzoni sono per lo più eseguite da lui stesso con un arsenale di strumenti (ukulele, organo, pianoforte, sintetizzatore, chitarra, dulcimer, autoharp, xilofono, percussioni). È difficile recuperare le canzoni perché ci sono praterie di riempitivi tra Haven't Got a Penny (un saggio accademico su come clonare i Kinks e inserire accenti caraibici alla Jimmy Buffett) e l'ode Warren Zevon-iana Be True to Your Bar, tra il valzer gospel No guidato dall'organo e la tiritera infantile Come Back as a Cockroach. Per ogni ritornello accattivante come Foxx and I, Rock n Roll Will Ruin Your Life e Hustle 76, c'è un'imbarazzante perdita di tempo come 78 Blizzard of 78, Fathers in the Clouds, I Think I'll Make Another World, A Serious Mistake, ecc.
I brani migliori fanno riferimento a una band che era quasi l'antitesi dei Magnetic Fields: il synth-rock di How to Play the Synthesizer suona come un sommesso remix dei Suicide e Surfin sembra una versione twangy di Duane Eddy.