Il dj mix Brothers Gonna Work It Out (Freestyle, 1998) fotografa il duo all'apice della propria abilità in studio, ma al al punto più basso della sua ispirazione artistica. Rendono omaggio alle loro influenze (Neu, Kraftwerk, New Order) e ai loro precursori (Giorgio Moroder, George Clinton).
Surrender (Virgin, 1999) è la continuazione di quella direzione, ma dal punto di vista dell'artista (in opposizione al punto di vista del tecnico). Il suono dei Chemical Brothers rimane ancorato ai New Order (Out Of Control) e ai Kraftwerk (Music: Response), pur essendo occasionalmente banale (Let Forever Be, Hey Boy Hey Girl) e audacemente sperimentale nelle suite strumentali (Sunshine Underground, Orange Wedge).
Come With Us (Astralwerks, 2002) suona un po' stanco, rispetto agli standards, ed esagera con le stravaganze. Le collaborazioni (Beth Orton in State We're In, Richard Ashcroft in The Test) sono intriganti in teoria ma inconsistenti nella pratica e troppe canzoni sono soltanto riempitivi (Star Guitar, Galaxy Bounce e Denmark sono talmente scontate da stimolare sbadigli piuttosto che danze sfrenate). L'afro-funk di It Began In Afrika e l'eterea My Elastic Eye non sono sufficienti a giustificare un album intero. Forse la fine di una carriera (in gran parte sopravvalutata).
Singles (Virgin, 2003) raccoglie dieci anni di singoli e due brani inediti.
Push The Button (Astralwerks, 2005) continua la caduta dei Chemical Brothers verso l'irrilevanza. Non sono mai degli innovatori, ora sono più prevedibili che divertenti.
L'eclettico We Are The Night (2007) dimostra che i Chemical Brothers avevano ascoltato suoni contemporanei, ma anche che erano sempre stati sopravvalutati come compositori.
Brotherhood (2008) è un'antologia della loro carriera.
Hanno aggiornato il loro sound alla generazione degli M83 su Further (Astralwerks, 2010).
Dopo Born in The Echoes (Virgin, 2015) e il concept album No Geography (Virgin, 2019) nel 2023 pubblicano il loro decimo album in studio, For That Beautiful Feeling (Virgin, 2023).