La Blues Explosion registra poi un album con Dub Narcotic Sound di Calvin Johnson. Sideways Soul (K, 1999), che contiene la demenziale danza di dieci minuti Fudgy The Whale.
La nuova uscita dei Boss Hog, White Out (In The Red, 2000), trova Cristina Martinez in piena forma. L'album aggiorna il suono della band alla musica da ballo senza sacrificare le loro radici garage-blues. Martinez ha ascoltato molti loops di batteria ed e` maturata sia come cantautrice che come performer. La convergenza di questi segnali favorevoli, produce una serie di canzoni allo stesso tempo per il corpo e per la mente, un esercizio intellettuale durante un party. Il blues devoluto di Jon Spencer penetra White Out, ed e` sempre lui a dare una mano per realizzareChocolate e Jaguar, due piacevoli addizioni al canone del garage. Lentamente si incomincia ad apprezzare lo show postmoderno che Martinez ha preparato: ci sono frammenti del passato in ogni canzone e il disco suona tutto come una collezione di covers, anche se non ce ne sono all'interno. 20 Della raccolta fanno parte l'easy listening di Nursery Rhyme, il ritornello psichedelico di Sterolight, il funky soul diFear For You, l'inno da girl group in Troubleche richiama gli anni '60, ma sono spinte da solidi beat e da debordanti, sporchi riff di chitarra. Get It While You Waitunisce il brio da canzonetta della Tamla alla passionalita` di Alanis Morissette , ricercando quel bilanciamento fra nostalgia e modernita`, che incarna un po' lo spirito di questo disco. Itchy & Scratchy, e` inchiodata su un sincopato funky groove e perforata da un assolo acido di organo, che serve per rendere ancor piu` affascinante l'equilibrata miscela tra i due mondi. Jens Jurgensen al basso e Hollis Queens alla batteria interpretano con maniacale abilita` la visione della Martinez, e Mark Boyce alle tastiere da un'anima a quel corpo inquieto. I riffs sporchi delle chitarre costituiscono un po' il marchio di fabbrica del sound, e il risultato del loro lavoro e davvero magico. I Boss Hog hanno forse reinventato la musica da party della nuova generazione, e rappresenta un po` quello che furono i Pussy Galore, per la generazione punk e la Blues Explosion, per la generazione college rock.
Russell Simins, dopo aver suonato su Butter 08 (Grand Royal, 1996), ha registrato il suo primo album solista, Public Places (Grand Royal, 2000), dove si abbandona ai ritmi hip-hop e funk, ma non al blues tipico di Spencer. Suona piuttosto come un incrocio tra Beck e Bob Mould (Feel The Emotion).
Judah Bauer formò i 20 Miles che pubblicarono RL Boyce (Fat Possum, 1997) e Keep It Coming (Fat Possum, 2002).
Plastic Fang (Matador, 2002) è un album relativamente sommesso e lineare per i Jon Spencer Blues Explosion, che in realta non riesce mai a eguagliare il sapore amaro dei primi album. Sweet and Sour è la traccia iniziale, rappresentativa della nuova direzione di Spencer, un'educata e rispettosa ripresa di stereotipi Funk, Soul e R&B (Money Rock and Roll, Killer Wolf). Solo verso la fine ritorna alla sua follia decostruzionista, con Mean Heart.
Prodotto da artisti del calibro di Dan Nakamura, DJ Shadow e David Holmes, Damage (Sanctuary, 2004) non riesce a ringiovanire i Blues Explosion. La conversione alle tecniche di produzione hip-hop non è convincente (nonostante la sensazione di sentire il sassofono arrostito di James Chance su Fed Up And Low Down). Più convincenti sono i soliti numeri, ma anche quelli migliori (Damage, Crunchy, Burn It Off, Spoiled e la strumentale Rivals) suonano come delle pallide copie dei loro classici.
Spencer Dickinson è stata una collaborazione tra Jon Spencer e Cody Dickinson su The Man Who Lives For Love (2001 - Yep Roc, 2006)
Jukebox Explosion (In the Red, 2007) raccoglie singoli dei Blues Explosion.
Gli Heavy Trash sono il duo formato da Jon Spencer e dal chitarrista Matt Verta-Ray. Debuttarono con il trito garage-blues di Heavy Trash (2005). Going Way Out With Heavy Trash (2007) era per lo più una forma grintosa di rockabilly con le solite perverse sfumature blues (They Were Kings, Crazy Pritty Baby, Pure Gold). Il più accessibile e vario Midnight Soul Serenade (2009) offriva affascinanti ricostruzioni degli anni '50 come Gee I Really Love You, la strumentale Pimento e Bedevilment.