Su Dog In The Sand (2000) i Catholics crescono sia in qualità che in quantità (grazie alla superba tecnica pianistica di Eric Drew Feldman, all'ostinato metodo di registrazione live su nastro di Black, e ad un generale feeling Rolling Stones-iano. E' il compositore che resta indietro. A partire da questo disco, Black si lascia alle spalle l'elemento "magico" della musica dei Pixies, e si concentra su uno stile più semplice e umile (anche se non lesina testi al vetriolo). Se canzoni ben eseguite come Blast Off e Robert Onion sono un sincero ritratto del passato dell'artista, esse non mostrano nessun segno di rinnovamento. La band ottiene buoni risultati con l'inneggiante Hermaphroditos Is My Name e l'entusiasmante I've Seen Your Pictures, ma in tutto ciò il cantante c'entra poco. Non così "abile" come il loro primo album, e non abbastanza "diverso"(leggi: confuso) come il loro secondo, Dog è l'album di un artista che sta invecchiando, e che riscopre le sue radici nel rock'n'roll classico, come si vede in If It Takes All Night (la sua più insipida svendita alle hit parade, finora) e in ballate folk come like St Francis Dam Disaster e The Swimmer, canzoni che ormai non hanno più molto a che fare coi Pixies.

Black Letter Days (2002) e Devil's Workshop (Spinart, 2002) furono pubblicati separatamente ma nello stesso giorno. Entrambi sono incostanti e dilettanteschi.

Show Me Your Tears (2003), altro confuso passo falso nella carriera di Black, è un'accozzaglia stilistica che a tratti rimette in luce il suo talento di cantautore (specie quando si attiene allo stile country-pop tradizionale, come in Everything is New e My Favorite Kiss) e occasionalmente evoca il bizzarro punk-pop dei Pixies (Nadine, Massif Centrale), ma in generale vaga senza meta in lande sperdute.

Il doppio disco Frank Black Francis (2004) raccoglie demo dalle session per l'album dei Pixies Come On Pilgrim (1987) e un disco di ri-registrazioni di alcuni pezzi della band. Una sorta di "remix".

Honeycomb (2005), senza i Catholics, si può definire l'album soul e country di Black (registrato a Nashville con Steve Cropper alla chitarra, Spooner Oldham all'organo e prodotto dal produttore soul Jon Tiven). Svettano un paio di pezzi originali (Selkie Bride, Another Velvet Nightmare), ma il resto è riempitivo, più tre fiacche covers. Tuttavia Black sembra aver trovato la sua vera voce in queste ballate melanconiche. Avendo rinnegato il suo passato da rocker alternativo, può finalmente cantare e suonare ciò che più gli piace, anziché ciò che era solito fare. Sarà una coincidenza, ma non è mai sembrato così umano e persino timido.

Il monolite da 27 canzoni Fast Man Raider Man (2006), in collaborazione con veterani del rock come Steve Cropper, Levon Helm, Al Kooper e Ian McLagan, è la quintessenza degli album di Frank Black: verboso, pretenzioso, prolisso, pletorico; ma anche accattivante, (The End of the Summer, Johnny Barleycorn), galvanizzante (Elijah, Where the Wind Is Going) stentoreo (In The Time Of My Ruin, Dog Sleep) quando gli riesce. Un disco doppio forse adatto a chi ritiene il White Album dei Beatles un capolavoro. Per gli altri, sarà la più tremenda delle torture folk-pop. Frank Black non ha ancora capito che la sua concezione artistica è più simile a quella di Bruce Springsteen (rocker energico) che a quella di Gram Parsons ("balladeer" decadente).

Christmass (2007) raccoglie pezzi live e rarità .

Tornò al suo soprannome originale di Black Francis per Bluefinger (Cooking Vinyl, 2007), che in effetti fu la sua raccolta più virulenta da quando i Pixies si sono sciolti (Threshold Apprehension).

Le sette brevi canzoncine di Sv N F Ng Rs (Cooking Vinyl, 2008), in particolare The Seus, sono in realtà molto più intriganti degli album più ambiziosi di quel decennio.

The Golem (2010) contiene estratti da una colonna sonora che Black Francis ha composto nel 2008 per un film muto tedesco degli anni '20.

Un rocker improvvisamente rivitalizzato ha scritto Non Stop Erotik (2010), dove ha scatenato una serie di rave-up dal suono malvagio come Lake Of Sin, Dead Man's Curve, Corrina e soprattutto Six Legged Man.

The Complete Studio Albums Box Set (2022) raccoglie tutte le registrazioni di Frank Black And The Catholics.